Pfarrkirchen ist eine Hochschulstadt und die Kreisstadt sowie zweitgrößte Stadt des niederbayerischen Landkreises Rottal-Inn in Deutschland. Die Stadt liegt am Fluss Rott im Rottal. Der Hauptort zieht sich nördlich der Rott, über die Höhen des Galgenberges und des Gartlberges bis zum Reichenberg als homogene Bebauung.

Südlich der Rott schließt sich der Stadtteil Mooshof mit dem angrenzenden Gewerbe- und Industriegebiet an. Die übrigen Ortsteile liegen als Einzelorte in der Umgebung. Die Fläche ist von der land- und forstwirtschaftlichen Nutzung geprägt.

Pfarrkirchen liegt an der B 388, die vom 50 km entfernten Passau in die 125 km entfernte Landeshauptstadt München führt. Außerdem befindet sich die Stadt 65 km südlich von Straubing, 30 km südwestlich von Vilshofen an der Donau, 40 km westlich von Schärding, 22 km nördlich von Braunau am Inn und 80 km von Salzburg entfernt.